Als Thomas en zijn familie verhuizen naar een nieuwe stek en hij op een nieuwe school terecht komt, wil hij graag als gewone schooljongen meedoen. Maar als zijn zwangere moeder het rustig aan moet doen, moeten Thomas en zijn vader zorgen voor zijn oudere autistische broer Charlie.
Voor Thomas is het een enorme uitdaging, hij wil graag een gewone scholier zijn maar dat valt met Charlie niet mee. Zijn nieuwe vriendin Jackie helpt hem door zijn frustraties heen waardoor het uiteindelijk beter met hem gaat.
Het duurt even voor je door hebt wat er allemaal speelt in de film. Uiteindelijk is The Black Balloon weinig verrassend; een zesje.